V 90. letech byly ale u části lokomotiv vyměněny podvozky z lokomotiv řady

363 z důvodu nedostatku dvouproudových lokomotiv s rychlostí nad 120 km/h. Tato stroje pak tedy získali podvozky s převodovým poměrem pro rychlost 120 km/h, proto pak byly přeznačeny na řadu 163 s použitím původních pořadových čísel zvýšených o 200. Zbylým strojům řady 162 byly později dosazeny tlumiče vrtivých pohybů podvozků, nový vlakový zabezpečovač, bezpečnostní lepená čelní skla a elektronické rychloměry. Po této modernizaci teprve mohly být schváleny pro provoz rychlostí 140 km/h i po koridorových tratích (od roku 1999 kromě strojů 162.052, 162.053 a 162.054 měly ostatní schválenou maximální rychlost pouze 120 km/h)

Mezi významnější výkony těchto strojů patří jejich nasazení na vlaky

SuperCity Manažer a Mladý svět na konci 90. let, kdy s těmito vlaky jezdily bez jediné zastávky z Ostravy do Prahy. V současnosti jsou dislokovány v depech Prahy, většina v provozní jednotce Děčín a Žilina. Z prahy Vyjíždějí na rychlících do Děčína, dvojice pražských lokomotiv slouží jako záložní expresy z Prahy na východ, případně i pro rychlíky do Luhačovic.

Společnost Regiojet zakoupila v květnu od italské společnosti Ferrovie Nord

Milano 9 lokomotiv typu Škoda 99E z roku 1991. Kromě úprav pro provoz na síti SŽDC byla lokomotivám zvýšena maximální rychlost na 140 km/h a lokomotivy byly přeznačeny na řadu 162.